在封锁的校园中生活，学生们的不安与压力即将到达临界点。对学生会长供奉院亚里沙感到诸多不满的学生们，受到嘘界策动的谣言驱使，将绫濑与鸫抓了起来。失去指挥权的亚里沙，面对这个情况已经无能为力。
此时，集向众人说出自己是葬仪社成员一事，并提出了某个提案。在混乱的情况下，众人推选出的新任学生会长居然是樱满集。
集当上学生会长，肩负起领导职位后，学生们也恢复了平静。然而在“红色警戒线”不断前进的威胁下，问题堆积如山。为了跨越这个难关，谷寻提出了“武化分级制”。集认为这制度会造成学生之间的不平等而拒绝执行，但是抑制“默示录病毒”的疫苗开始不足，身为领袖的他被迫要做出决定。
这样的话所有人的武化都要奉献出来，我已经是不能以学生的身份再待在这高校之中了，就在这里我将会见证整个事件的发展，命运抉择之时很快就会到来。
集因为成为会长分配武化等级制而郁闷，自暴自弃。祭出现并抱住他，告诉他不管怎么样她都会支持集。告诉他她一直喜欢着集，能一直这样就最好了。
武化等级制的事情被飒太等人知道了，之后由于分配疫苗，F级被排斥，因为魂馆的意愿祭被带出要求帮助他们以至于不会因为分配不到疫苗而死。中途阻击队出现，为了逃命飒太让祭用绷带的修复能力修复汽车带大家逃走。不了中途被发现，炸弹炸开，为了保护祭集拼了命的扑了上去，抱住她被炸飞。
隐藏在背后目睹了这一切之后，我是有能力可以拯救集和祭的，但是如果我现身的话，那我的身份就会暴露，犹豫不决之中，祭居然醒来了。
当祭醒来的时候，左手已经脱臼，她的身边躺着濒死的集。为了救集，祭选择了治愈他，她留恋却不后悔的看着自己手里的绷带，然后用绷带层层包裹住集。远方的GHQ战斗直升飞机发现了这一举动，机枪扫射打断了祭的绷带。祭拼命的蠕动着想要最后触摸集，因为失去了武化的她即将迎来死亡。集已经被治愈，安静的躺在那里。祭的脸上留着泪，却在微笑。
“我小时候曾经看过一本书，那本书里面有一个温柔的国王，分给大家钱，让给大家土地，到最后自己的国家没有了。虽然人们都讨厌他，但是我却很喜欢他。我想，那就是我的初恋吧。集和那个国王很像，温柔到吃亏的地方，我觉得，集一定能成为一个很好的王，所以……”她拼命地想要触到集的手，但是还没碰到就失去了力量。
集醒来以后发现了死去的祭，她的身上开始布满紫色的结晶，代表着她的生命即将迎来终结。集拼命地抱住祭，但是祭最终在她手中崩裂，化成紫色的碎片。那一刻她离向心爱的人告白还没有过完一个小时，连一天中的二十四分之一都没有。临死时留下了遗言。“喜欢温柔的国王”。
黑化了之后，集看到了出现在自己面前的祈，强迫性地将祈体内的武化大剑给拔了出来，将眼前GHQ的战斗机甲全数击毁。战斗之后的集，最后提到了“祭一直说我有很多优点，一直相信我”，然后他下定了决心……
正常情况下，我一定会出手将集和祭一起救下来。但是这次不一样，毕竟我不是这个时代的人。虽然我心有不甘，但是我别无选择，为了时空的规律，为了不引起时空悖论，我只能当一回见死不救的罪人，这是无可奈何的选择。
为了救出供奉院亚里沙，葬仪社的阿尔戈潜入被封锁的东京。阿尔戈千辛万苦潜入校园后，看到的是采用了武化分级制，君临天王洲第一高中的樱满集。集为了完成逃离东京的计划，严格控管学生们，那里是由武化所建造的，虚空王国。
化为暴君的集已经是全身沾满罪恶，毫无退路。亚里沙知道足以颠覆集的掌控之秘密。那就是武化如果被毁了的话，无论是谁也不能逃脱生命消散的命运。但这个秘密却在某人的插手之下，没有洩露出去。然而，学校里仍是流言四起，学生们的不满已经快到极限。而集只是一味的依赖着祈，不顾周围的情况。那些抱怨和憎恶，让他甚至失去了原本也相信他的朋友，成为了孤家寡人。
罪恶不断累积，集终于受到了报应。突然出现在他面前的是应该已经消散离去的同伴，还有“涯”。但是涯却和以往完全不同，他将集的右臂砍断，集的“王之能力”也被他无情的夺走。集的一切已经完全失去，被涯推入更深的黑暗。连生存意义都失去的集和祈在废墟中逃亡，但是“神识”的魔手再度逼近他们二人。
樱满博士带着最后一支虚空基因组逃走后，遭遇到了嘘界部队的追杀。与此同时，集挟持亚里沙追踪到了樱满博士的位置，就在绫濑和嘘界抢夺虚空基因组的时候，集拿走了基因组，并对自己使用了。利用虚空基因组的力量，集复原了自己的右手，并联合绫濑、飒太、谷寻的武化，击退了嘘界的部队，击杀了嘘界，同时吸收了飒太身上的癌变症状。
涯向世界宣布，要在“圣诞节”发动世界规模的“失落的圣诞”。为了阻止涯，民间军事公司将同仓知一众汇合，在仓知的邀请下，集也决定加入这次战斗。就在这时，涯拜托四分仪将樱满黑巢博士的日记交给了集，通过日记的记载，集了解到了当时“失落的圣诞”造成的原因，并且得知他的父亲最早发现了“默示录”病毒的真相和解决方案。
最终战役即将打响，涯利用虚空的力量将联合国军队击溃，与此同时，集合仓知一行人攻入涯的基地。在祈记忆被涯清除的最后时刻，祈的歌声为迷路的集找到了方向，使集和他的同伴顺利到达中央作战司令室。名为Daath的守墓人出现了，他否定了集成为亚当的可能性，并决定剥夺集“王的能力”。
即使集及时赶到，却也来不及阻止真名的复活。涯利用从真名身体中取出的武化同集开始搏斗，而真名却在这个时候开始散布失落圣诞，第四次“默示录”开始了。与此同时葬仪社的众人尽全力对抗达利尔少尉，就在涯即将给予集最后一击的时候，集从祈残存的花朵中抽出了武化，终于战胜了涯，到达了“默示录”的尽头。
集在与涯的决战中获胜，涯在向集展示了Daath的“理想乡”后和真名的灵魂一起真正地消失了。“失落的圣诞”进入了闭幕阶段，一切都已经结束，剩下的事情，就是集与祈再次相遇，也是他们最后一次相遇。
身体已经严重结晶化的祈，慢慢地一步一步走向了集……
“集……集……不要责怪自己……我……从集那里得到了很多感情……全部……都多亏了集……”终于，祈走到了集的身边，并撞到了集，她不停地摸黑着，因为眼睛已经看不见了……
“集……在……哪里？集……”被集牵起那双小手之后，她才发现，自己心中最重要的集，就在自己的身边。
“集……要一直在我身边哦！因为……我是集的同伴……好吗？”
“祈……一起去吧！”集之后抱着快要死去的祈，使用自己的武化将全世界默示录病毒和虚空的力量全部吸收到自己身上，准备舍身成为救世主。
“大家的心都聚集过来了，回忆也一起，就算是对我恶意相向的人，也是被人爱着出生的……祈？”
“解开它！”在祈的示意下，集解开了祈手中的翻花绳，在微笑中，祈消失了。因接受了祈的生命线（就是那个翻花绳），祈代替集死去，而意识存于集的心中。祈的歌声是温柔的，也是希望的歌声，能够拯救感染了默示录病毒的人们，也能够净化人的心灵。纵然她作为真名复活的容器而诞生，但是因为集，她也成为了有感情的人，也像普通人一样爱过，也同样有着少女的美丽、温柔与坚强，也同样具有自己独立的意志与存在的价值。楪祈的歌声永远是那个灰暗世界中明媚的光。
我目睹了整个“默示录”事件的开幕，**，闭幕。事情到这里已经告一段落了，这也只是对于经历了“默示录”事件的人们来说，对我而言真正的战斗还没开始，集作为主角的时间已经结束，接下来故事的主角，要换人了。
虚空的力量，被祈给带走了吗？正常的情况下是这样的，不过总是有些野心家在默默地等待着机会的到来，而现在就是获取虚空之力的最好机会。
突然从天而降的那个人，是拥有两张面孔脸带泪痕者，第二使徒赫尔德。
这种情况下我只能静观其变，如果贸然出现的话，事情只会变得更加棘手。她在地上画了一个魔法阵，这种魔法阵我从来没有见到过，这不是传送的魔法阵，在魔法阵中的赫尔德念着咒语，虚空之力居然被魔法阵给吸收了进去。
“本不应该存在于世界上的力量，为我所用吧！虚空啊！”
力量不断凝聚着，再这样下去的话，虚空之力将会被赫尔德给完全吸收，这种力量如果被使徒们获得的话，后果将会不堪设想。
“不行。”在吸收虚空的魔法阵中，出现了一个熟悉的声音。那不是别人，正是祈，她在反抗着，反抗着即将被束缚的命运。
“哦？没想到思念居然会让已经消逝的生命再次重现，不过无论你怎么反抗都好，虚空的力量，将会为我所用。”
“不行，这种力量不应该存在于世界，别逼我，啊！”
“嗯！我就是要将虚空之力据为己有，怎么？没办法反抗了吗？”
“别逼我，不要，我不想那么做。”
“嗯？不想那么做？我可是创世十二神的第二使徒泪目之赫尔德，你能拿我怎样呢？我真想见识一下，你这个真名的替身，到底能做出怎样的事情。”
“是你逼我的，即使我是怪物，我的心是伪造的，就算这份心情也是伪造的，我也要保护集，更要保护集所保护下来的这个世界。”
“呵呵！我倒是想看看，仅存在意识的你，能不能奈何得了我。”
是啊！楪祈只剩下意识的存在，没有肉体的她根本不能奈何得了使徒之中最强的魔法使，第二使徒‘泪目之赫尔德’。不过祈那强大的思念，或许能够产生奇迹。
“什么？你居然，不，不可能的，仅存在意识的你，为什么……”
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