当摩尼教获得大部分人类的信奉之后，光明分子的解脱几近完成。这时光明耶苏会第二次降临，称为智慧世界之神（汉文摩尼经译称具智法王），他将建立法庭，自任审判者（汉文摩尼经称平等王），把正义者和邪恶者分开。之后，支撑世界的光耀柱和活灵诸子将离开，天地随之崩溃，爆发出一场大火，这场大火将持续1468年。生命之思（Thoughtoflife，即汉文摩尼经中的“唤应警觉声”）将以最后的相貌（theLastStatue，即汉文摩尼经中的"本相貌"）出现，收集一切遗留的光明分子，上升到新乐园。黑暗魔王及其他恶魔将被囚禁，新乐园将重新并入光明王国，这就是后际。
从以上的简述可以看到，光明与黑暗对立的二元论、过去－现在－未来的三际论、最后的大战等教义，渊源可能是琐罗亚斯德教。摩尼教最高神伟大之父，已经高度抽象，不像犹太教的上帝干涉人间事务。旧约中创造世界的耶和华的角色在摩尼教中降低为由净风来扮演，净风在摩尼教科普特文史料中就被称为造物主。基督教中的耶苏形象在摩尼教中变得多元化了，主要表现为大神光明耶苏和光明使者弥赛亚耶苏，摩尼以耶苏的使徒自居。这些地方都可以看出犹太教－基督教的重大影响。
教阶和寺院制度
《摩尼光佛教法仪略》中记载，摩尼教团内部通常分为五个教阶：第一，十二慕she，译云承法教道者（使徒）；第二，七十二萨波塞，译云持法者，亦号拂多诞（主教）；第三，三百六十默奚悉德，译云法堂主（长老）；第四，阿罗缓，译云一切纯善人（选民即僧尼）；第五，耨沙彦，译云一切净信听者（俗信者）。这些名称的音译，出自中古波斯文，同时，这些教阶也能在希腊文和拉丁文史料中得到印证。摩尼设十二个使徒的做法，显然模仿耶苏的十二使徒。将信徒分为僧尼和一般在俗信徒，可能是受佛教影响而形成的。
《摩尼光佛教法仪略》中记载，摩尼教寺院中有“经图堂一，斋讲堂一，教授堂一，病僧堂一。……不得别立私室厨库。每日斋食，俨然待施；若无施者，乞丐以充。唯使听人，勿蓄奴婢及六畜等非法之具。每寺尊首，诠简三人：第一，阿拂胤萨，译云赞愿首，专知法事；第二，呼lu唤，译云教道首，专知奖劝；第三，遏换健塞波塞，译云月直，专知供施。皆须依命，不得擅意。”
这套寺院制度，可能是摩尼在印度观察了佛教寺院以后，加以模仿而形成的。僧侣过的生活相当俭朴，主要靠施舍乞讨为生，没有奴婢、牲畜等私有财产，共同生活，没有个人的私室、厨房、仓库。根据帕提亚文摩尼教传教史残片，阿驮曾在罗马帝国建立一批摩尼教寺院。有的学者认为，摩尼教寺院的建立刺激了基督教修道制度的发展。
摩尼教传入回鹘后，借其势力得以发展，唐大历三年（768）在京师长安立寺。以后陆续在荆、扬、洪、越等州、河南府、太原府建立寺院，直至会昌三年（843）被禁断。在查禁时，唐政府没收了摩尼寺的钱物，并严加看守，以防“诸色人及坊市富人影占”。这说明这些寺院已经拥有相当财产，可能曾被粟特或回鹘商人用作货栈和钱庄。唐季摩尼教受迫害以后，转为秘密宗教，向华南发展，建立了一些寺院，如宋绍兴年间（12世纪）在福建泉州石刀山有一座摩尼寺；十三世纪在浙江四明有一座，后改名为崇寿宫，貌似道教寺院，但是仍然承认摩尼教苦行主义的戒律；元代在福建泉州府晋江县华表山建立过一座草庵，祭祀摩尼佛；在温州平阳有一座潜光院，为明教寺院。
1954年刊布的《回鹘文摩尼寺院文书》提到高昌、交河、唆里迷等三处寺院。由爱吾赤（管事）、慕舍、依哈林、都督等管理寺院收入的派用。寺院有了殷实的经济基础，拥有土地，征收租金、布匹、粮食、水果，饲养家畜，使用各种工役。高级僧侣丰衣足食，处于特权地位，别居一室，下属不能随便晋见，吃饭有人侍候，可以对下属施行肉刑。这些与《仪略》的规定都有了很大不同。摩尼教从未成为居于统治地位的宗教，唯一的例外是在回鹘统治下，它取得了崇高的政治地位，有了经济特权，因此难免发生深刻的变化。
仪规
《下部赞》的“此偈你逾沙忏悔文”写道：“於七施、十戒、三印法门，若不具修，愿罪销灭”。“此偈凡至莫日与诸听者忏悔愿文”中也有类似的文句。三印和十戒是摩尼教的基本戒律。三印指口印、手印和胸印（东方文献中有时指心印），三印与十戒有联系。根据《群书类述》，十戒是：不拜偶像，不妄语，不贪欲，不杀生，不*，不偷盗，不欺诈，不行巫术，不二见（怀疑宗教），不怠惰。口印即不妄语等戒律，手印即不杀生等戒律，胸印即不*等戒律。三印、十戒是僧侣、俗信徒都必须遵守的。十戒主要从负面设限，不许信徒做这个做那个。
对僧侣另有五条戒律，主要从正面鼓励，希望僧侣以更高的道德标准要求自己。《下部赞》的“普启赞文”写道：“具足善法五净戒”。根据粟特文书，五净戒是真实，不害，贞洁，净口和安贫。不害是禁止从事任何可能伤害光明分子的工作，即不要从事耕田、采集、收获和杀害任何动植物的事情。贞洁是指禁止性交，因为性交被视为模仿恶魔通奸，会导致人类生生不息，继续不断囚禁光明分子。净口是指禁止吃肉和饮酒。安贫是要求不蓄私产，靠施舍和乞讨为生，年一易衣，日一受食。
根据《群书类述》，摩尼教要求一般信徒每天祈祷四次，僧侣每天祈祷七次，即《佛祖统纪》引《夷坚志》说的，以七时作礼。一般信徒在星期天（汉文音译密日）斋戒，选民（僧侣）在星期天和星期一（汉文音译莫日）斋戒两天。《宿曜经》记载："尼乾子末摩尼以密日持斋，亦事此日为大日，此等事持不忘。"《下部赞》中的“此偈凡莫日（星期一）用为结愿”写道：“赞此今时日，於诸时最胜，诸有乐性者，今时入香水，渗浴诸尘垢，皆当如法住”。
可能在星期一举行某种类似洗礼的仪式。《下部赞》中另有“此偈凡至莫日与诸听者忏悔愿文”，写道：“对今吉日，堪赞叹时，七宝香池，满活命水。”可见中国的一般摩尼教信徒在星期一也要举行忏悔和类似洗礼的仪式。
摩尼教徒最大的宗教节日是庇麻节（FestivalofBema），纪念摩尼受难，通常在每年的十二月举行。此前有约一个月的斋戒。庇麻意为祭坛，虚位以待，象征摩尼降临。从描绘庇麻节的细密画来看，一位僧侣右手握着一只杯子，前面的红桌子上放着面包，可能在举行一种类似基督教圣餐的仪式。《下部赞》“叹五明文第二叠”说“夷数血肉此即是，堪有受者随意取”，描写的就可能是这种仪式。从《祈祷和忏悔书》中知道，庇麻节上要朗读摩尼最后的书信，吟唱赞美摩尼、第三使、光耀柱、救主耶苏、诸明使、庇麻等的诗篇和欢乐颂。
传播
在西方，摩尼在世时，摩尼教已经传播到叙利亚、巴勒斯坦和埃及。公元300年左右，摩尼教徒在埃及已经颇有声势，以致於哲学家里科普里斯的亚历山大觉得有必要撰文与其论战。摩尼教又从埃及传播到北非和西班牙，从叙利亚传播到小亚细亚，再从那里传播到希腊、亚德里亚海东岸、意大利和高卢。这些地方当时均在罗马帝国统治之下，摩尼教遭到政府的粗暴迫害。皇帝戴克里先於297年发布著名的诏书，命令非洲总督镇压摩尼教。基督教当时也遭到戴克里先的迫害，但是不久即取得国教地位，将摩尼教视为最危险的对手，不遗余力地从教俗两方面进行斗争。执事马克（MarktheDeacon）写的加沙主教波菲里（Porphyry,theBishopofGaza）传中，记载了375年波菲里与摩尼教女信徒、来自安条克的朱莉娅（Julia）的一场辩论。圣奥古斯丁（354－430）则记载了他与摩尼教徒福图那图斯、费利克斯的辩论。这些辩论正是基督教与摩尼教斗争的典型例子。著名的希腊文教义之正式声明说明迟至九世纪，摩尼教仍然在西方活动。不过1000年以后，在西方就不再看到关于他们的记载了。
欧洲中世纪出现过所谓新摩尼教，比如，7世纪亚美尼亚的保罗派（Paulicians）、10世纪保加利亚的鲍格米勒派（Bogomilists）、和12世纪法国南部的阿尔比派（Albigensians），都有类似摩尼教之处，可能曾受其影响。但是很难确定它们与摩尼教之间的直接历史联系。
在东方，萨珊王朝时期（224－651）摩尼教在波斯本土不断遭到血腥迫害，它的主要力量逐渐汇聚到中亚乌浒水（Oxus，今阿姆河）流域。粟特城市萨秣建（撒马尔干）和赭时（塔什干）成为摩尼教传播的重要基地。六世纪末，中亚摩尼教团在撒特－奥尔米兹（Sad-Ohrmizd）领导下，与巴比伦的领袖分裂，以电那勿（Denawars）派的名称独立。这种分裂状态到八世纪初才结束，中亚重新接受巴比伦法王米尔（Mihr，约710－740）的领导。七世纪中叶，穆斯林征服波斯以后，摩尼教徒的处境有所改善，伍麦叶王朝（661－750）让他们和平地活动，可能根本没有怎么注意他们。阿拔斯王朝时期（750－1258），许多摩尼教文献被翻译成阿拉伯文，比如，伊本－穆盖法耳（757年卒）曾把摩尼的几本著作翻译成阿拉伯文，比鲁尼和奈丁就是在一些摩尼教著作阿拉伯文译本的基础上，撰写摩尼教历史的。同时，阿拔斯王朝恢复了萨珊王朝反摩尼教的做法，谴责许多波斯血统的翻译者是摩尼教的同情者。在麦海迪（775－785）和穆格台迪尔（908－932）统治时期，设立了专门处置异教徒（主要是摩尼教徒）的机构，无情地对摩尼教徒进行迫害。967年前奈丁在首都巴格达亲身认识三百个摩尼教徒，但是，当他写作《群书类述》时，只有五个还留在首都，可见迫害之激烈。可能公元1000年左右，摩尼教徒在伊拉克就灭绝了。
在中国的传播
唐高宗朝（650－683）摩尼教可能已经传入中国。武则天延载元年（694）波斯国人拂多诞（侍法者）持《二宗经》至中国。开元七年（719）吐火罗国（位于今阿富汗北部）支那汗王帝赊上表，献解天文大慕she（承法教道者），请置法堂。开元二十年（732），唐玄宗下敕严加禁断，但西胡可以继续信仰。安史之乱末期，代宗宝应元年（762）叛将史朝义诱回鹘牟羽可汗进攻长安，唐遣药子昂迎劳，牟羽可汗遂支持唐军东击史朝义，克洛阳，放兵攘剽。牟羽可汗於次年带睿息等四僧回到回鹘，与他们讨论了三天三夜，经过激烈思想斗争，改宗摩尼教。“熏血异俗，化为茹饭之乡；宰杀邦家，变为劝善之国。……法王闻受正教，深赞虔诚，大德领诸僧尼入国阐扬。自后，慕舍徒众，东西循环，往来教化。”远在巴比伦的摩尼教教主派第一级僧侣到回鹘，确立摩尼教在回鹘的国教地位，使回鹘社会发生深刻变化。同时，摩尼教依靠回鹘的势力，在唐帝国各地设置寺院。摩尼教势力的扩张引起了佛教徒的警觉，禅宗典籍《历代法宝记》中出现了对外道末曼尼（即摩尼）的攻击。《历代法宝记》约765年传入吐蕃，不久后（约775－797年间）赤松德赞赞普所撰《真正言量略集》中也出现对异端末摩尼的抨击。
元和、长庆年间（806－824）摩尼教僧侣常与回鹘可汗议政，作为回鹘的官方代表出使唐朝，势力鼎盛。开成五年（840），回鹘为黠戛斯所破，唐朝立即改变对摩尼教的优容态度，会昌三年（843）没收摩尼寺的庄宅钱物，焚烧其书籍图画，流放其僧侣，死者大半。会昌五年武宗禁佛，同时禁止各种外来宗教，摩尼教当也在其列。
摩尼教不容於唐朝朝廷，但西域各国五代北宋时摩尼教犹盛。回鹘西迁，在吐鲁番建立高昌王国，摩尼教继续处于国教地位，留下了大量各种语言的文献和寺院、壁画、细密画等遗物。北宋太平兴国六年（981）出使高昌的王延德等亲眼目睹了那里摩尼寺的情况。西迁后的回鹘和于阗也曾派遣摩尼师出使中原。但是佛教逐渐占居上风，到十三世纪中叶蒙古征服塔里木盆地地区时，摩尼教与佛教相比已经微不足道。
中原的摩尼教则不得不依附佛教、道教以自存，逐渐演变为一种秘密宗教，通常被称为明教。逃脱会昌法难的摩尼教呼禄法师来到福建，“授侣三山（福州），游方泉郡（泉州），卒葬郡北山下。”福建成为摩尼教在中国南方继续传播的主要源头。北宋至道（995－97）中，怀安士人李廷裕在京城开封一家卜筮商店里用五十千钱买到了一尊摩尼像，从此摩尼像就在福建流传开了。大中祥符九年（1016）、天禧三年（1019）朝廷两次敕福州；政和七年（1117）、宣和二年（1120）礼部两次牒温州，"皆宣取摩尼经颁入道藏"。真宗朝（998－1022）进献明教经典的福建士人林世长授守福建文学。编入道藏的摩尼教经典中可能有《老子化胡经》、《明使摩尼经》、《二宗三际经》等。摩尼教已经在福建赢得部分士人的信仰，依托道教，向合法化方向发展。
但是，摩尼教经常被指斥为鼓动叛乱的邪教。北宋太平兴国间（980）撰写的《僧史略》把梁贞明六年（920）陈州毋乙叛乱以及后唐、石晋（923－946）时的相关叛乱归罪於末尼党类。宣和二年方腊发动大规模农民起义，统治者大为震惊，严厉镇压各种宗教结社，重立禁约，止绝江浙"吃菜事魔"之徒，连带根究温州明教，毁拆其斋堂，惩办为首之人，悬赏奖励告发。明教徒的特点是每年正月内，取历中密日（星期天）聚集侍者、听者等，所念经文及画像有《证明经》、《图经》、《日光偈》、《广大忏》、《妙水佛帧》、《先意佛帧》、《夷数佛帧》、《四天王帧》等，多引尔时明尊之事。
南宋时，有的道教徒不甚分得清楚吃菜灭魔与明教的关系，道士白玉蟾（约1215）的学生问他，乡间多有吃菜持斋以事明教，谓之灭魔，彼之徒且曰太上老君之遗教，然耶？否耶？白玉蟾告诉其学生一些明教的教义，大要在乎清净、光明、大力、智慧八字而已。但是没有分辨吃菜灭魔与明教的异同。有的佛教史家把明教与吃菜事魔联系在一起。1265年撰写的《佛祖统纪》引述洪迈（1123－1202）《夷坚志》说：吃菜事魔，三山（福州）尤炽，称为明教会。所事佛衣白，又名末摩尼。其经名二宗三际，其持修者，正午一食，以七时作礼。有的官员常把明教与其他宗教结社并列，视之为邪教。陆游在绍兴三十二年（1162）写的条对状中写道：淮南谓之二襘子，两浙谓之牟尼教（即摩尼教），江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类。名号不一，明教尤盛。至有秀才、吏人、军兵亦相传习。其神号曰明使，又有肉佛、骨佛、血佛等号。白衣乌帽，所在成社。伪经妖像，至於刻版流布，假借政和中（1111－1118）道官程若清等为校勘，福州知州黄裳为监雕。陆游称，近岁之方腊皆是类也。要求加以严惩，多张晓示，限期自首，限满悬赏搜捕，焚毁经文版印，流放传写刊印明教等妖妄经文者。
元代在泉州设有管理明教和秦教（当即景教）的管领。马可波罗及叔叔1292年到达福州时遇到的一个当地无名教派可能是摩尼教团。明太祖洪武（1368－1398）初曾下诏并立法禁止各种异端信仰，其中包括牟尼明尊教（即摩尼教）。浙江按察司佥事熊鼎以大明教瞽俗眩世，且名犯国号，奏请没收其财产而驱其众为民。明太祖可能因为这道奏折，嫌明教教门上逼国号，摈其徒，毁其宫，户部尚书郁新、礼部尚书杨隆奏留之，因得置之不问。尽管清律、安南律都因袭明律，继续禁止牟尼明尊教，但是，有清一代和安南地方未必真正有摩尼教徒的活动了。
本文摘录自《摩尼教专题研究》，作者马小鹤，我做了些细微的修订。
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